En la placas arduino se ven 6 pines que pone ICSP ( In Circuit Serial Programming) que sirve para programar el BootLoader del Microcontrolador ATmega y asi poder cargar los programas que creemos en el IDE directamente en el microcontrolador sin tener que necesitar Programadores externos (como se ve en la imagen de mas abajo).



Sin el Bootloader el ATmega no servira de nada, por eso es necesario ponerselo para que pueda interpretar tus programas, recibir y enviar datos por los diferentes puertos o generar señales de control y sobre todo hace que sea posible la comunicacion USB.


Los pines son los siguientes: (visto desde arriba)

MISO  |1 2| +5V
SCK   |3 4| MOSI
RST   |5 6| GND

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