Por defecto los certificados SSL en cPanel van por medio de su propio Provider y pero si queremos usar Let's Encrypt para generar los certificados vamos a tener que instalarlo primero.

Instalar Let`s Encrypt en cPanel:

Entramos por SSH al servidor y ejecutamos la siguiente linea:

/usr/local/cpanel/scripts/install_lets_encrypt_autossl_provider

Cuando termine vamos al WHM a la sección Manage AutoSSL

Home » SSL/TLS » Manage AutoSSL

Ahora nos aparece Let`s Encrypt como un nuevo Provider y ya solo queda seleccionarlo y aceptar los términos de uso.

Desinstalar Let`s Encrypt como Provider en cPanel:

Si Queremos revertir los cambios o simplemente desinstalarlo demos ejecutar en SSH el siguiente comando:

/usr/local/cpanel/scripts/uninstall_lets_encrypt_autossl_provider

cPanel KB: https://documentation.cpanel.net/display/CKB/The+Let%27s+Encrypt+Plugin